Minden madár testét, így a papagájokét is tollazat fedi. A repülést szolgálják a szárnyak evezőtollai és a farktollak (kormánytollak). Általában 20-20 evezőtollak, ezek között 10-10 kézevezők, illetve karevezőt különítünk el, míg a farktollak száma többnyire 6-6. A fedő- vagy kontúrtollak a madarak alakját adják, védik testét a sérülésektől, hőmérsékleti szélsőségektől, míg a pehelytollak a hőszigetelést szolgálják. Láthatunk még a papagájokon még ún. módosult tollakat is, ilyenek pl. az arák pofáján lévő dísztollacskák. Valamennyi toll közepén gerinc fut végig, ettől jobbra és balra egy keskenyebb külső és egy szélesebb belső zászló található. A két zászló eltérő színű lehet, sőt egyetlen zászlón többféle szín is felfedezhetünk, és így különbözhet egy toll háti és hasi felületének színe. A faj meghatározó jegyeinek pontos ismerete szükséges a beazonosításhoz.
A legújabb kutatások szerint a papagájok tollazat ultraviola fényben is reflektál. Felmerül a kérdés, vajon ez a tény nem segíti-e a papagájokat nemi partnerük megtalálásában. Szarupikkelyekkel borított lábukon két ujj előre, a két szélső pedig hátrafelé irányul.
Bőrük vékony és száraz. A bőrmirigyek hiányoznak, farcsíkmirigyük is csökevényes, sőt az Aratingáknál hiányzik – szerepét a nagy számban lévő púdertollak veszik át, amelyek a fedőtollakat víztaszítóvá teszik.
Csőrükön bőséges vérellátású szaruborítás látható, amelynek külső rétege állandó kopásban van, folyton újra képződik. A vadon élő papagájnál ez egyensúlyban van, fogságban viszont gondok adódhatnak. A felső kávánál látható az ún. viaszhártya két orrnyílással, mögöttük van az orrüreg. A viaszhártya lehet tollal fedet, vagy csupasz, színe bizonyos fajoknál segíthet a madár nemének meghatározásában.
Lábukon szintén állandóan kopásban lévő karmok láthatók, ha a madár ezeket nem használja a kívánt mértékben (fogságban), kórosan túlnőhetnek.
Csontozatuk a röpülés szolgálatában nagyon stabil, kicsiny súllyal. A nyakcsigolyák száma 7-8, a nyaki gerinc kiválóan mozog, a háti gerinc mozgása jelentéktelen, a medence csigolyái összecsontosodtak, a farki rész szintén nagyon mozgékony. A szegycsonton jól fejlett taréj van, de a bagolypapagájnál ez hiányzik. Medencecsontjuk erős kiképzésű. Izomzatuk igen jól fejlett, különösen erősek a nyak-, mell- és combizmok.
Csontos alakú csőrük remek fogóeszköz, sok fajnál fogkimetszés és/vagy a felső káva belső oldalán barázdák, ún. reszelőrovátkák láthatók, ezeknek a táplálkozásnál van szerepük. A papagáj csőre alakját tekintve a ragadozó madarakéra emlékeztet, de annál még erősebb és vastagabb is lehet. A felső kávát az arckoponyához külön ízület kapcsolja, a madárvilágban hasonló felépítés csak a kakukknál fordul elő. Az alsó káva az alsó álcsontban folytatódik, és azt szintén külön ízület köti össze a koponyával. Ily módon a papagáj a csőrét fel-le, előre-hátra képes mozgatni és pl. az ararák oldalra is.
Vérkeringésük: a madárszív kb. kétszer akkora, mint a hasonló nagyságú emlős szíve. Ez összefüggésbe hozható a felgyorsult anyagcserével és a gyors mozgással. A szív szerkezete az emlősökével azonos, két pitvarból és kamrából áll. A bal kamrában magasabb a nyomás. A véralvadásban szerepet játszó protrombin struktúrája eltér az emlősökétől; a madárvér gyorsabban alvad, így a madarak sokszor túlélnek olyan sérüléseket, amelyektől egy emlős állat elvérezne. Ezt a jó hatást leronthatja a magasabb vérnyomás. A csőr és a karmok sérülései viszont egyes esetekben komoly vérzéshez vezethetnek.
Légzőszervei: a felső gége (larynx) porcos állományú, és átmegy a szintén porcos védelemmel rendelkező tracheába, ezt követi az alsó gége (az ún. syrinx), a hangadó szerv. Itt ágazik el a két hörgő. A hörgők rövidek, a tüdők viszonylag kicsik. A tüdőkhöz kapcsolódik a rendkívül fontos légzsákrendszer, amely nagy mennyiségű levegőt képes tárolni. A tüdők és a légzsákok együttes működése biztosítja a repüléshez szükséges, fokozott hatásfokú oxigénadagoló rendszer jó működését, amihez hozzájárul, hogy a madárvér hemoglobinja az emlősökénél több oxigént tud felvenni. Az egészséges papagáj vérének 100ml-e 10-20gramm hemoglobint tartalmaz. Vérvételre – ahol erre lehetőség van – nagy papagájoknál a könyök-, kicsiknél a nyaki vénát használjuk. A vizsgálati célból levett vér mennyisége 0,3-0,4 ml lehet.
Emésztőszervei: nyelvük általában vaskos, húsos. Számos fajnál a nyelv hátulsó részén elsarusodott terület van, ami a táplálék őrlésénél segít (pl.: Sándor-papagáj), az arakakadu a nyelvét össze tudja göngyölíteni, a lórik nyelve ecsetszerűen kiképzett, speciális táplálkozásuknak megfelelően.
A szájüregben sok nyálmirigy van. A papagájok nyelőcsöve jól nyújtható és a begyben végződik. Begyük kettős (bal és jobb oldali), zsákszerű kiképzésű, itt történik a táplálék áztatása és előemésztése, ez utóbbi a mirigyes gyomorból feljutó emésztőnedvek segítik. Az előemésztett táplálék, az ún. begytej a mirigyes, majd az izmos gyomorba (zúza) jut. Az emésztés érdemi része itt megy végbe, fermentek és sósav, valamint mechanikus őrlő mozgás segítségével. Az emésztett táplálék a nyombélbe majd a vékonybélbe jut. ( a papagájok egy részénél nem találunk epehólyagok és vakbelet.) Az értékes tápanyagok felszívódnak, a bélsár a rövid vastagbélen átjutva a végbélben gyűlik össze, ennek hátulsó részén találjuk a kloákát.
Húgy- és ivarszervek: a vesék viszonylag nagyok, húgyhólyagjuk nincs. A hím papagáj heréi a vesék magasságában vannak, hosszú ondóvezetékkel. Némelyik papagájon (arák) a kloáka mellett párzószemölcs látható. A tojóknál elsősorban a bal petefészek működik, némelyik példány esetében a jobb teljesen visszafejlődik. A kloákába a vastagbél, a húgyszervek és az ivarszervek kivezető csövei nyílnak, három részből áll, ezek aránya változó lehet. Elülső része coprodeum, ide nyílik a vastagbél, középső része az urodeum, a húgy- és az ivarszervek kivezető csöveinek nyílásával, végül a hátsó része a proctodeum, ami közvetlenül a záróizom előtt van, ez által közvetlen kapcsolatban a külvilággal.
Idegrendszer: agyvelejük viszonylag nagy és jól fejlett, különösen a kisagy, hasonlóképpen jól fejlett a környéki idegrendszer is. Szaglásuk gyenge, ízérzésük változó, de különösen a gyümölcsevő papagájoknál igen jó lehet. Külső fülük nincs, a hallásuk kiemelkedően jó, kísérletekkel bizonyították, hogy igen széles frekvenciatartományt képesek érzékelni. Legfontosabb érzékszervük kétségtelenül a szemük. A szemlencse elődomborodó, csontlemezek gyűrűje védi, kívül látható a felső és az alsó szemhéj, rajtuk pillasor van, alattuk pedig a harmadik hártya. Normál körülmények között a papagájszem nagy távolságra van beállítva, akár egy teleobjektív. Ezt a beállítást a madár szükség esetén változtatni képes egy speciális izomrendszer segítségével – így szemük zoomlencse gyanánt viselkedik. Ezt a jelenséget különösen a nagypapagájoknál tudjuk megfigyelni, ha egészen közel megyünk hozzájuk, és emiatt izgalomba jönnek. Szemük felbontóképessége rendkívül nagy, így a legapróbb tárgyakat is észreveszik. Két szemük külön lát, igen nagy látótérrel. Leképezési arányuk is igen nagy, mert míg a miénk kb. a felvevőgéppel azonos sebességű (kb. 20kép/sec), az övék ennek nyolcszorosa lehet. Sok papagáj a szemével tanulja meg, hogy melyik ennivaló ízletes. Szemük az ultraviola fényt is érzékeli, mert a retinán lévő ún. csapok nem három alapszínt (vörös, zöld, kék) érzékelésére alkalmasak csupán, hanem létezik náluk egy negyedik csap is, amely az ultraviola fényre reflektál.
